월급봉투

직장인 year-end-tax

연말정산 의료비 세액공제, 총급여 3% 초과분 계산법

총급여 4,000만원이면 의료비 120만원까지는 공제가 0원입니다. 3% 문턱 계산과 초과분 15% 세액공제액을 총급여 구간별 표로 확인합니다.

백이제 씀 2026년 8월 31일 확인 2026년 8월 31일 발행
연말정산 의료비 세액공제, 총급여 3% 초과분 계산법 — year-end-tax pricing comparison

총급여 4,000만원인 직장인이 연간 의료비 200만원을 썼다면, 세액공제액은 12만원입니다. 4,000만원의 3%인 120만원까지는 공제가 0원이고, 이를 넘는 80만원에만 15%가 적용되기 때문입니다. 의료비를 쓴 만큼 돌려받는 구조가 아니라, 문턱을 넘긴 부분만 일부 돌려받는 구조입니다.

핵심 요약

  • 의료비 세액공제의 문턱은 총급여액의 3%이며, 총급여 4,000만원이면 120만원, 6,000만원이면 180만원입니다.
  • 문턱 초과분에 곱하는 기본 공제율은 15%로, 초과분 100만원당 세액 15만원이 줄어듭니다.
  • 총급여 3,000만원인 사람이 의료비 90만원을 쓰면 공제액은 정확히 0원이고, 91만원을 쓰면 1,500원입니다.
  • 지방소득세는 소득세의 10%이므로(국세청 근로소득 간이세액표), 세액공제 15만원은 실제로 16만 5천원의 부담 감소로 이어집니다.
  • 맞벌이라면 총급여가 낮은 쪽으로 의료비를 몰 때 문턱이 낮아져 공제액이 커집니다.

계산 전제 — 이 글이 쓴 가정

숫자를 보기 전에 무엇을 가정했는지 먼저 밝힙니다. 가정이 바뀌면 아래 표의 값도 달라집니다.

항목이 글의 가정
의료비 유형전액 일반 의료비(본인·부양가족 구분 없이 15% 적용 구간)
난임시술비·미숙아 등없음(별도 우대율 적용 대상 제외)
실손보험금 수령0원(수령액은 의료비에서 차감해야 함)
총급여비과세 급여를 제외한 금액
산출세액계산된 세액공제를 전부 흡수할 만큼 충분함
지방소득세소득세의 10%로 별도 계산

3% 문턱과 15%라는 구조는 소득세법 및 소득세법 시행령의 특별세액공제 체계를 따릅니다. 다만 난임시술비 우대율, 미숙아·선천성이상아 우대율, 본인·65세 이상·장애인 의료비의 한도 제외 규정처럼 세부 항목별 우대율은 이번에 수집한 출처 본문에서 확인하지 못했습니다. 이 글은 15% 일반 의료비 기준만 다룹니다. 우대율 대상이 섞여 있다면 아래 표보다 공제액이 커집니다.

계산은 몇 단계로 이뤄지나요

한 줄씩 보이겠습니다. 총급여 4,000만원, 연간 의료비 200만원인 경우입니다.

단계계산식금액
① 문턱총급여 40,000,000원 × 3%1,200,000원
② 초과분의료비 2,000,000원 − 문턱 1,200,000원800,000원
③ 세액공제초과분 800,000원 × 15%120,000원
④ 지방소득세 감소120,000원 × 10%12,000원
⑤ 총 부담 감소120,000원 + 12,000원132,000원

②에서 값이 음수가 되면 공제액은 0원입니다. 마이너스가 다른 공제로 이월되지 않습니다.

같은 사람이 의료비를 100만원만 썼다면 이렇게 됩니다.

  • 초과분 = 1,000,000원 − 1,200,000원 = −200,000원 → 0원 처리
  • 세액공제 = 0원

즉 200,000원어치 의료비는 “문턱을 채우다 만” 상태로 아무 효과가 없습니다.

총급여 구간별 문턱과 공제액은 얼마인가요

총급여 2,400만원부터 1억원까지 400만원 간격으로 계산했습니다. 문턱은 총급여 × 3%, 공제액은 (의료비 − 문턱) × 15%입니다. 음수는 0원 처리했습니다.

총급여3% 문턱의료비 100만원의료비 200만원의료비 300만원의료비 500만원
2,400만원72만원42,000원192,000원342,000원642,000원
2,800만원84만원24,000원174,000원324,000원624,000원
3,200만원96만원6,000원156,000원306,000원606,000원
3,600만원108만원0원138,000원288,000원588,000원
4,000만원120만원0원120,000원270,000원570,000원
4,400만원132만원0원102,000원252,000원552,000원
4,800만원144만원0원84,000원234,000원534,000원
5,200만원156만원0원66,000원216,000원516,000원
5,600만원168만원0원48,000원198,000원498,000원
6,000만원180만원0원30,000원180,000원480,000원
6,400만원192만원0원12,000원162,000원462,000원
6,800만원204만원0원0원144,000원444,000원
7,200만원216만원0원0원126,000원426,000원
7,600만원228만원0원0원108,000원408,000원
8,000만원240만원0원0원90,000원390,000원
8,400만원252만원0원0원72,000원372,000원
8,800만원264만원0원0원54,000원354,000원
9,200만원276만원0원0원36,000원336,000원
9,600만원288만원0원0원18,000원318,000원
1억원300만원0원0원0원300,000원

한 칸 검산합니다. 총급여 5,600만원 · 의료비 300만원 행:

  • 문턱 = 56,000,000 × 3% = 1,680,000원
  • 초과분 = 3,000,000 − 1,680,000 = 1,320,000원
  • 공제액 = 1,320,000 × 15% = 198,000원 ✓

표에서 읽어야 할 것은 같은 의료비라도 총급여가 400만원 오를 때마다 공제액이 정확히 18,000원씩 줄어든다는 점입니다. 400만원 × 3% = 12만원만큼 문턱이 올라가고, 12만원 × 15% = 18,000원이 사라지기 때문입니다.

의료비를 얼마 써야 공제가 시작되나요 (역산표)

“공제액 X원을 받으려면 의료비를 얼마나 써야 하나”를 뒤집어 계산했습니다. 필요 의료비 = 문턱 + (목표 공제액 ÷ 15%)입니다.

총급여공제 0원 초과 시작점공제 10만원 지점공제 30만원 지점공제 50만원 지점
3,000만원900,001원1,566,667원2,900,000원4,233,333원
4,000만원1,200,001원1,866,667원3,200,000원4,533,333원
5,000만원1,500,001원2,166,667원3,500,000원4,833,333원
6,000만원1,800,001원2,466,667원3,800,000원5,133,333원
7,000만원2,100,001원2,766,667원4,100,000원5,433,333원
8,000만원2,400,001원3,066,667원4,400,000원5,733,333원
9,000만원2,700,001원3,366,667원4,700,000원6,033,333원
1억원3,000,001원3,666,667원5,000,000원6,333,333원

계산식 확인 — 총급여 5,000만원에서 공제 30만원을 받으려면:

  • 필요 초과분 = 300,000 ÷ 0.15 = 2,000,000원
  • 문턱 = 50,000,000 × 3% = 1,500,000원
  • 필요 의료비 = 1,500,000 + 2,000,000 = 3,500,000원 ✓

목표 공제액이 얼마든 문턱 위로 얹어야 하는 금액은 총급여와 무관하게 동일합니다. 공제 30만원이면 어느 소득이든 문턱 위 200만원이 필요합니다. 총급여가 다르게 만드는 것은 출발선뿐입니다.

맞벌이면 누구 쪽에 몰아야 하나요 (교차 비교표)

부부 합산 의료비를 한쪽으로 몰았을 때 공제액이 어떻게 달라지는지, 총급여 조합별로 계산했습니다.

부부 총급여 조합합산 의료비 200만원합산 의료비 300만원합산 의료비 400만원
3,000 / 3,000만원 (어느 쪽이든 동일)165,000원315,000원465,000원
3,000 / 5,000만원 → 낮은 쪽165,000원315,000원465,000원
3,000 / 5,000만원 → 높은 쪽75,000원225,000원375,000원
3,000 / 7,000만원 → 낮은 쪽165,000원315,000원465,000원
3,000 / 7,000만원 → 높은 쪽0원135,000원285,000원
5,000 / 8,000만원 → 낮은 쪽75,000원225,000원375,000원
5,000 / 8,000만원 → 높은 쪽0원90,000원240,000원

3,000 / 7,000만원 부부가 의료비 300만원을 썼을 때의 차이를 풀어 봅니다.

  • 낮은 쪽에 몰기: (3,000,000 − 30,000,000×3%) × 15% = (3,000,000 − 900,000) × 15% = 315,000원
  • 높은 쪽에 몰기: (3,000,000 − 70,000,000×3%) × 15% = (3,000,000 − 2,100,000) × 15% = 135,000원
  • 차액 180,000원

의료비 한 항목만 놓고 보면 낮은 쪽이 유리합니다. 다만 부양가족을 누구의 공제 대상으로 올렸는지, 산출세액이 그 공제를 흡수할 만큼 있는지에 따라 결과가 뒤집힐 수 있습니다. 부양가족 등록 요건과 맞벌이 배분 규정의 세부 조항은 이번 출처 본문에서 확인하지 못했으므로, 여기서는 의료비 문턱 효과만 비교한 것으로 읽어 주십시오.

비과세 급여가 문턱을 얼마나 낮추나요

문턱의 기준은 총급여이고, 비과세 급여는 총급여에 들어가지 않습니다. 소득세법 제12조는 식사를 제공받지 않는 근로자가 받는 월 20만원 이하의 식사대, 6세 이하 자녀 보육 관련 월 20만원 이내 급여 등을 비과세로 정하고 있습니다.

연봉 총액이 같아도 비과세 구성이 다르면 문턱이 달라집니다. 연봉 총액 5,000만원 기준으로 계산했습니다.

비과세 항목연간 비과세액총급여3% 문턱의료비 250만원 시 공제액
없음0원5,000만원150만원150,000원
식대 월 20만원240만원4,760만원142.8만원160,800원
식대 + 보육수당 각 월 20만원480만원4,520만원135.6만원171,600원

식대 240만원이 총급여에서 빠지면 문턱은 240만원 × 3% = 72,000원 내려가고, 공제액은 72,000 × 15% = 10,800원 올라갑니다. 표의 150,000 → 160,800원 차이가 이것입니다. 액수는 크지 않지만, 문턱 근처에 있는 사람에게는 0원이 몇 만원이 되는 분기점이 될 수 있습니다.

흔한 오해 두 가지

오해 1 — “의료비 300만원 쓰면 300만원 돌려받는다”

세액공제는 지출액이 아니라 초과분에 15%를 곱한 값입니다. 총급여 4,000만원이 의료비 300만원을 썼을 때 실제 세액 감소는:

  • (3,000,000 − 1,200,000) × 15% = 270,000원
  • 지방소득세 포함 297,000원

지출 300만원 대비 회수율은 약 9.9%입니다. 90%는 본인 부담입니다. 이 비율은 문턱이 높을수록 더 낮아집니다. 총급여 8,000만원이면 같은 300만원에 90,000원, 회수율 3%입니다.

오해 2 — “3% 문턱은 과세표준의 3%다”

문턱의 기준은 총급여액입니다. 과세표준은 총급여에서 근로소득공제와 각종 소득공제를 뺀 뒤의 훨씬 작은 금액이라, 이를 기준으로 잡으면 문턱을 크게 과소평가하게 됩니다. 총급여 5,000만원인 사람이 문턱을 과세표준 기준으로 착각해 “2,000만원의 3% = 60만원”으로 계산하면 실제 150만원과 90만원이나 어긋납니다. 그 결과 “의료비 100만원 썼으니 6만원 받겠지” 하고 기대하지만 실제 공제액은 0원입니다.

이 계산이 맞지 않는 경우

아래에 해당하면 위 표를 그대로 쓰면 안 됩니다.

  • 실손보험금을 받았을 때 — 보험사에서 보전받은 금액은 본인이 부담한 의료비가 아닙니다. 의료비 300만원 중 180만원을 실손으로 받았다면 계산에 넣을 금액은 120만원입니다. 총급여 4,000만원이라면 문턱 120만원에 걸려 공제액이 0원이 됩니다.
  • 산출세액이 부족할 때 — 세액공제는 산출세액을 넘어 환급되지 않습니다. 산출세액이 8만원인데 계산상 공제액이 27만원이면 실제 감소는 8만원에서 멈춥니다. 총급여가 낮을수록 이 벽에 자주 부딪힙니다.
  • 난임시술비·미숙아 의료비가 섞였을 때 — 이 항목들은 일반 15%보다 높은 우대율이 적용되는 구조로 알려져 있으나, 구체적 우대율은 이번 출처에서 확인하지 못해 이 글에서는 다루지 않습니다. 해당 지출이 있다면 실제 공제액은 위 표보다 큽니다.
  • 본인·65세 이상·장애인 의료비가 큰 비중일 때 — 이들 항목은 한도 적용 방식이 일반 부양가족 의료비와 다릅니다. 세부 한도 규정은 확인하지 못해 이 글은 한도 제약이 없는 것으로 계산했습니다.
  • 중도 입·퇴사로 근무기간이 1년이 아닐 때 — 총급여가 줄어 문턱도 함께 내려갑니다. 6개월 근무로 총급여가 2,000만원이면 문턱은 60만원입니다.
  • 의료비가 아닌 지출을 섞었을 때 — 미용·성형 목적 시술, 건강증진 목적 의약품 등은 공제 대상 판정이 별도로 필요합니다. 대상 여부 판정 기준은 이번 출처에 없어 다루지 않습니다.
  • 간이지급명세서상 총급여와 인식이 다를 때 — 상여·연차수당 지급월이 있으면 체감 월급과 연 총급여가 크게 벌어집니다. 문턱은 연 총급여 기준입니다.

원천징수 세액과는 어떻게 연결되나요

의료비 세액공제는 매달 떼는 세금이 아니라, 연말정산에서 1년 치를 정산할 때 산출세액에서 빼는 항목입니다. 매달 급여에서 떼는 근로소득세는 정률이 아니라 근로소득 간이세액표에서 월 급여액과 공제대상 가족 수로 찾은 값이고, 지방소득세는 그 소득세의 10%입니다.

즉 1년간 원천징수로 미리 낸 세금이 정산 결과보다 많으면 차액이 돌아오고, 적으면 더 냅니다. 의료비 세액공제 27만원은 “27만원을 받는다”가 아니라 “정산 결과 확정세액이 27만원(지방세 포함 29만 7천원) 줄어든다”는 뜻입니다. 그 결과가 환급인지 추가 납부인지는 그동안 얼마를 미리 냈는지에 달려 있습니다.

요약 — 세 줄로

  • 문턱 = 총급여 × 3%. 이 금액까지 쓴 의료비는 세금에 아무 영향이 없습니다.
  • 문턱 초과분 × 15%가 세액공제액이고, 지방소득세 10%가 추가로 따라옵니다.
  • 총급여 400만원 차이는 같은 의료비 기준 공제액 18,000원 차이를 만듭니다.

이 글의 금액은 위에 밝힌 가정(일반 의료비 15%, 실손 수령 0원, 산출세액 충분)에 따른 추정치입니다. 우대율 대상 지출, 한도 규정, 부양가족 요건에 따라 실제 결과는 달라집니다. 확정된 금액은 국세청 연말정산 간소화 자료와 회사에서 발급하는 근로소득 원천징수영수증, 급여명세서로 확인하십시오.

Also worth reading: 연말정산 주택청약저축 소득공제, 납입액별 절세액 계산

Also worth reading: 연말정산 신용카드 공제, 사용액 구간별 환급액 계산

Also worth reading: 대학생 자녀 등록금 500만원, 교육비 세액공제 계산


자주 묻는 질문

총급여 4,000만원이면 의료비 얼마부터 공제되나요
4,000만원 × 3% = 120만원이 문턱입니다. 연간 의료비가 120만원 이하면 공제액 0원이고, 200만원을 썼다면 초과분 80만원의 15%인 12만원이 세액공제됩니다.
의료비를 100만원 더 쓰면 세금이 100만원 줄어드나요
아닙니다. 3% 문턱을 이미 넘긴 상태에서 100만원을 더 써도 100만원 × 15% = 15만원만 줄어듭니다. 지방소득세 감소분을 더해도 16만 5천원 수준입니다.
맞벌이 부부는 의료비를 누구에게 몰아야 하나요
총급여가 낮은 쪽이 문턱이 낮습니다. 총급여 3,000만원은 문턱 90만원, 6,000만원은 180만원이라 같은 의료비 300만원이면 각각 31만 5천원과 18만원으로 13만 5천원 차이가 납니다.
3% 문턱은 총급여 기준인가요 과세표준 기준인가요
총급여액 기준입니다. 근로소득공제나 인적공제를 빼기 전 금액이며, 비과세 급여는 총급여에서 빠집니다. 월 20만원 식대를 12개월 받으면 총급여가 240만원 낮아져 문턱도 7만 2천원 내려갑니다.
산출세액이 적으면 의료비 공제를 다 받나요
세액공제는 산출세액 한도까지만 차감됩니다. 산출세액이 10만원인데 계산된 의료비 세액공제가 30만원이면 실제로 줄어드는 세금은 10만원이고 나머지 20만원은 소멸합니다.

출처 — 2026년 8월 31일 확인

  1. 국가법령정보센터 — 소득세법
  2. 국가법령정보센터 — 소득세법 시행령
  3. 국세청 — 근로소득 간이세액표

Prices and plan limits are taken from the pages above on the date shown. Vendors change them without notice. Confirm on the vendor's own site before purchasing. We have not used these products — see our methodology.